В середине 1640 г. он с двумя казаками был направлен на реки Татту и Амгу, левые притоки Алдана, для замирения непокорных якутов, нападавших на мирных якутов, аккуратно сдававших ясак. Ограбленные пожаловались на эти нападения якутским властям. Быстрое возвращение Дежнева в Якутск, видимо, связано с успешным выполнением порученного задания без применения к виновникам силовых действий. Следует отметить, что Дежнев на протяжении всей службы всегда старался действовать мирными средствами, применяя силу лишь в крайнем случае.

Осенью 1640 г. Дежнев был послан для усмирения мятежного якутского князца Сахея Отнакова. Еще летом 1640 г. несколько родов в центральной Якутии, недовольных большим ясачным обложением, осадили Якутск. Не сумев выбить русских из острога, князцы в конце концов вынуждены были заключить мирное соглашение с якутскими властями и согласились платить ясак. Но несколько князцов-тойонов и в том числе Сахей не замирились. Посланные к нему два сборщика ясака были убиты, а затем Сахей со своим родом откочевал в дальнюю Оргутскую волость на Среднем Вилюе. Посланный против Сахея отряд попал в засаду и понес тяжелые потери.