В 30-х гг. ХVII в. он попал в поле зрения крупного московского купца («царского гостя») Алексея Усова и сумел заслужить его доверие. Дальнейшая судьба Федота Попова свидетельствует, что он завоевал доверие Усова своей смелостью, настойчивостью и практической сметкой.

В 1638 г. Алексей Усов отправил большую партию своих товаров в далекую Сибирь, доверив свои товары Федоту Алексееву Попову и устюжанину Луке Васильеву Сиверову, причем первый был назначен старшим торгового каравана. Есть сведения, что Федот Алексеев Холмогорец начал свою торговую деятельность в Сибири продажей хмеля на Тюмени, в Тобольске, Томске и Енисейске (31, с. 91).

В июне 1641 г. Федот Алексеев в Енисейске выправил проезжую грамоту — таможенный пропуск — на Лену. На следующий год караван Федота Алексеева прибыл в Якутск. Ознакомившись с местными условиями, он, вероятнее всего, принял решение перенести свою торговую и промысловую деятельность в дальние « землицы». Видимо, у него возникли какие-то разногласия с Лукой Сиверовым и они разделили порученные им товары: к Федоту, как к старшему, перешло почти две трети товаров и казны.