По прибытии в Тобольск он расспрашивал местных жителей, русских, а также « бухарцов и татар» и на основании их показаний решил проследовать через Енисейск на Селенгу и затем на Амур. Почти ежедневно у посла бывал ученый священник хорват Юрий Крижанич, находившийся в Тобольске в ссылке. Именно Крижанич по поручению Посольского приказа перевел для посла с голландского языка на латынь книгу голландца Петра Ван-Горна о поездке в Китай, куда он ездил с посольством в 1666—1668 гг. Крижанич передал послу все собранные им для своей книги « Письмо о Китайском торгу» материалы по торговле с Китаем.

Через два месяца после выезда из Москвы посольство покинуло Тобольск, главный город Сибири, и поплыло по Иртышу и вверх по Оби до Нарыма, а затем по р. Кеть до Маковского острога. Далее посольство перебралось по суше в Енисейск.

В июле Спафарий с сопровождавшими поплыл по Енисею и Ангаре и 12 сентября прибыл к Байкалу. Переплыв озеро в самом узком месте, называемом Култук, посольство достигло Селенги, высадилось на берег и прибыло в русское зимовье в трех днях езды от Селенгинского острога в районе кочевок монголов-халхасцев.