Вот из-за таких и многих других трудностей и аварий постепенно путь из Березова в Мангазею по рекам и губам перестали использовать. В 1666 г. тобольские воеводы обратились в Москву с предложением прекратить поставки в Мангазею хлеба и соли на кочах по этому пути. Воеводы писали Сибирскому приказу, что уже ряд лет они направляли на Таз по семи и больше кочей с хлебом и солью, но часть их погибала в пути. Так в 1663 г. в пути были разбиты пять кочей, и при этом пропало 5260 пудов (84,16 т) хлеба и 24 пуда (384 кг) соли, находившихся на судах. Казна несла ущерб и оттого, что направляемые в Мангазею кочи не возвращались в Тобольск.

Воеводы указывали на то, что на Енисее в Туруханске было достаточно дешевого хлеба и соли и оттуда можно было снабжать продуктами военный гарнизон Мангазеи. В Туруханск хлеб доставлялся на речных судах из Ениcейска на Среднем Енисее. Воеводы утверждали, что речной путь до Туруханска был значительно безопаснее, чем плавание по морю — по Обской и Тазовской губам. Поэтому они просили московские власти запретить подобные плавания.

Их просьба была удовлетворена. На основании указаний Сибирского приказа тобольский воевода, известный русский картограф, составитель Сибирского чертежа стольник Петр Иванович Годунов в 1667 г. отдал приказ о прекращении плаваний по Обской и Тазовской губам: « Впредь кочевого ходу не будет, а посылать через Енисейск» (10, с. 125). А в 1672 г. по приказу царя Алексея Михайловича город Мангазея был покинут, его военный гарнизон перевели в Туруханск.

По поводу причин оставления города среди ученых единого мнения нет. Некоторые ученые довольно обоснованно считают, что главной причиной явилось оскуднение промыслов пушного зверя и трудности доставки хлебных запасов по Обской и Тазовской губам. Безусловно, свою роль в судьбе Ман-газеи сыграло роль и похолодание, наступившее в Арктических районах во второй половине ХVII в.