Якутский воевода П.П. Головин разорил его: отнял у него весь хлеб, забрал в казну соляную варницу, заточил в тюрьму. Освободился из заточения он только в конце 1645 г., потеряв немало своих денег. На его счастье, Головин был заменен в 1648 г. другим воеводой Дмитрием Андреевичем Франц-бековым. Встреча нового воеводы с Хабаровым состоялась в Илимском остроге в марте 1649 г.

Узнав об итогах экспедиции Пояркова, Хабаров попросил разрешения организовать новую экспедицию на Амур. Франц-беков выдал Хабарову в кредит казенное военное снаряжение, в том числе несколько пушек и пищали, сельскохозяйственные орудия. Из своих личных средств новый воевода под ростовщические проценты выдал деньги всем участникам новой экспедиции и выделил для нее суда якутских промышленников. После окончания формирования хабаровского отряда из 70 человек воевода снабдил его хлебом, отняв его у тех же промышленников, и выдал Хабарову 6 марта 1649 г. наказную память.

Все эти незаконные поборы и конфискации вызвали волнения в Якутске. Но Францбеков арестовал главных зачинщиков.

В ответ промышленники послали в Москву челобитные и доносы на воеводу. Правда, к этому времени ( осенью 1649 г.) Хабаров уже отплыл из Якутска, поднялся вверх по Лене и Олекме и к концу лета дошел до устья Тугира ( теперь Тунгир). Он выбрал для проникновения в Даурию путь по так называемому Тугирскому волоку.